RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	GNA15	P30679	374 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FOXN2	P32314	431 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLC34A1	Q06495	639 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KLHL38	Q2WGJ6	581 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CEP55	Q53EZ4	464 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	WASHC2D	Q5SRD0	308 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	EMC10	Q5UCC4	262 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	WDR78	Q5VTH9	848 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RNF43	Q68DV7	783 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TAS1R2	Q8TE23	839 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	UCMA	Q8WVF2	138 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SREK1	Q8WXA9	508 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CSRNP1	Q96S65	589 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	11.64	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	HNRNPC	P07910	306 aa	Known RBP eCLIP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PSMA2	P25787	234 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CDO1	Q16878	200 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ATG16L1	Q676U5	607 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	VSTM1	Q6UX27	236 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PRPF39	Q86UA1	669 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MFN1	Q8IWA4	741 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CEP120	Q8N960	986 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PRPF31	Q8WWY3	499 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FAF2	Q96CS3	445 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	APOL6	Q9BWW8	343 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM120A	Q9BXJ8	343 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DCLK3	Q9C098	648 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF711	Q9Y462	761 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	HEY1	Q9Y5J3	304 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147		A0A1W2PPM1	405 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CLRN2	A0PK11	232 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	EIF3D	O15371	548 aa	Known RBP eCLIP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NDUFB10	O96000	172 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PTGIR	P43119	386 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KRT81	Q14533	505 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KHDC1	Q4VXA5	237 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ACAD10	Q6JQN1	1059 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CCNJL	Q8IV13	435 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	WDR75	Q8IWA0	830 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DEPTOR	Q8TB45	409 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	C2orf71	A6NGG8	1288 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PTK7	Q13308	1070 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TFDP1	Q14186	410 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	HIC1	Q14526	733 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	IRGC	Q6NXR0	463 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	BTBD10	Q9BSF8	475 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CHKB	Q9Y259	395 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	R3HDM2	Q9Y2K5	976 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	STXBP5L	Q9Y2K9	1186 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ZC3H11B	A0A1B0GUI2	810 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	E2F8	A0AVK6	867 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC189	A1A4V9	331 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MAP3K6	O95382	1288 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MARS	P56192	900 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RASA2	Q15283	850 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MAP7D1	Q3KQU3	841 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ATP13A4	Q4VNC1	1196 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGAP22	Q7Z5H3	698 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RNF168	Q8IYW5	571 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGAP18	Q8N392	663 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R36	Q96LQ0	422 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147		Q9H521	79 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	APOBEC2	Q9Y235	224 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM150B	A6NC51	233 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TPBGL	P0DKB5	382 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SETSIP	P0DME0	302 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	GZMA	P12544	262 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	GSTT1	P30711	240 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ACOT2	P49753	483 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	OSTN	P61366	133 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NFIA	Q12857	509 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MPP2	Q14168	576 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	HSP90AA5P	Q58FG0	334 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FAM43B	Q6ZT52	329 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ZC3H8	Q8N5P1	291 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB18P	Q96TA0	734 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA1586	Q9HCI6	787 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PDP2	Q9P2J9	529 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NARF	Q9UHQ1	456 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DISP2	A7MBM2	1401 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NCAN	O14594	1321 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FCHO1	O14526	889 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TBX3	O15119	743 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	GSTA2	P09210	222 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	GEMIN4	P57678	1058 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MTMR2	Q13614	643 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	KCNT1	Q5JUK3	1230 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ANO7	Q6IWH7	933 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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