RNA–Protein interactions for RNA: YBL058W

SHP1, Transcript of UBX (ubiquitin regulatory X) domain-containing protein, yeast

Gene SHP1, Length 1,272 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	YBL058W	MDH1	P17505	334 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.63	□□□□□ -1.67	not detected
SHP1	YBL058W	OLE1	P21147	510 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	PRE7	P23724	241 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	ARO7	P32178	256 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	PAU2	P32612	120 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	VAM7	P32912	316 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	SFK1	P35735	353 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	NTC20	P38302	140 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	GNA1	P43577	159 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	GWT1	P47026	490 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	VPS55	P47111	140 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TLG1	Q03322	224 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	FIT1	Q04433	528 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	HOR7	Q05827	59 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	NOC4	Q06512	552 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YDL086W	Q07505	273 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	PRM3	Q08931	133 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	QCR7	P00128	127 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	PET18	P25362	215 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YCR061W	P25639	631 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	AHC2	P25649	128 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	ERG2	P32352	222 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	ERG3	P32353	365 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	SPS18	P32572	300 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	RAD23	P32628	398 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	AGA2	P32781	87 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YKL075C	P36083	450 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	NVJ1	P38881	321 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TAF3	Q12297	353 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TFC7	Q12415	435 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	BUD23	P25627	275 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	RFA3	P26755	122 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	UTR5	P32630	166 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	AVT6	P40074	448 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	PRM5	P40476	318 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YJL213W	P40896	331 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	DOC1	P53068	250 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YLR281C	Q05863	155 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	MCH1	Q07376	486 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	GEP3	Q08622	556 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TIR4	Q12218	487 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	DGK1	Q12382	290 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TRM10	Q12400	293 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TMA7	Q3E764	64 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	OCH1	P31755	480 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.6	□□□□□ -1.67	not detected
SHP1	YBL058W	SDH4	P37298	181 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YBR137W	P38276	179 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	VMA10	P48836	114 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	RSM27	P53305	110 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	CAB4	P53332	305 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YML122C	Q03207	126 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	AEP3	Q12089	606 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YOS1	Q3E834	85 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YEL009C-A	A0A023PZF2	135 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	TDH1	P00360	332 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	COX2	P00410	251 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	GCN4	P03069	281 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	VMA5	P31412	392 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	AUA1	P32450	94 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	FLO10	P36170	1169 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	SSZ1	P38788	538 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	SSO2	P39926	295 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	GPI14	P47088	403 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	BXI1	P48558	297 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	FMP48	P53233	369 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	CTF19	Q02732	369 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	MAK3	Q03503	176 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	YPD1	Q07688	167 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	MED11	Q99278	115 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SHP1	YBL058W	CDC31	P06704	161 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	MDM10	P18409	493 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SRY1	P36007	326 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SMB1	P40018	196 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	RPL9B	P51401	191 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	CWC25	P53854	179 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SWT1	Q12104	458 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	RBD2	Q12270	262 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	MET17	P06106	444 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	FUS3	P16892	353 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	MRS4	P23500	304 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	RPB7	P34087	171 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	YHK8	P38776	514 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	PHM8	P40025	321 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	BMT5	P40493	336 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SYG1	P40528	902 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	MSS2	P40990	351 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SYS1	P41544	203 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	BNA6	P43619	295 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	ERG25	P53045	309 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	IMO32	P53219	342 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	YHP1	Q04116	353 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	HNT1	Q04344	158 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	RPS18A	P0CX55	146 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	RPS18B	P0CX56	146 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	STF2	P16965	84 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	GRX2	P17695	143 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	IFM1	P25038	676 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	YBL058W	SHE2	P36068	246 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
SHP1	YBL058W	UTP30	P36144	274 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68

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