RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000331194.8

CCDC88C-201, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CCDC88C, Length 3,104 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-201ENST00000331194 GRB10Q13322 594 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MKRN4PQ13434 485 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MTMR3Q13615 1198 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ZNF268Q14587 947 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 CRELD2Q6UXH1 353 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ATP8B4Q8TF62 1192 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 P3H4Q92791 437 aa14.65□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 KCPQ6ZWJ8 1503 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 LINGO3P0C6S8 592 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZBTB48P10074 688 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 LRRC57Q8N9N7 239 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ACTRT1Q8TDG2 376 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 EPS8L3Q8TE67 593 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 IQCDQ96DY2 449 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 FMO2Q99518 471 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 POTEMA6NI47 508 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 FGGP02679 453 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CREB1P16220 341 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC29A2Q14542 456 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ASIC2Q16515 512 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 PEX26Q7Z412 305 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 BATF3Q9NR55 127 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 JAG2Q9Y219 1238 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZBTB1Q9Y2K1 713 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 SNX24Q9Y343 169 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 BHMG1C9JSJ3 638 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 AMPD3Q01432 767 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 RNASELQ05823 741 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DDB1Q16531 1140 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 OTUD6AQ7L8S5 288 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 TAX1BP1Q86VP1 789 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 PNMA5Q96PV4 448 aa14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CPSF2Q9P2I0 782 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 UTP11Q9Y3A2 253 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ERVV-2B6SEH9 535 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ASAP2O43150 1006 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC9A1P19634 815 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZNF211Q13398 564 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 RIPK1Q13546 671 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ANKRD20A2Q5SQ80 823 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ANKRD20A1Q5TYW2 823 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ANKRD20A3Q5VUR7 823 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DDX12PQ92771 950 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 KLHL29Q96CT2 875 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CNOT10Q9H9A5 744 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ERVK-5Q9HDB9 667 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 LUC7LQ9NQ29 371 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 FGFR1OP2Q9NVK5 253 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ETAA1Q9NY74 926 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 COL4A3BPQ9Y5P4 624 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 AFF2P51816 1311 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DUOX1Q9NRD9 1551 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 MMP13P45452 471 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 AADACL2Q6P093 401 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 GUF1Q8N442 669 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 TPCN2Q8NHX9 752 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 PBKQ96KB5 322 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZCWPW1Q9H0M4 648 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 SEMA4AQ9H3S1 761 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 VAT1LQ9HCJ6 419 aa14.63□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 USP17L3A6NCW0 530 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 USP17L4A6NCW7 530 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 GNPTABQ3T906 1256 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 UNC13DQ70J99 1090 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 USP17L1Q7RTZ2 530 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 PNMA1Q8ND90 353 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DGCR8Q8WYQ5 773 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CALML4Q96GE6 196 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 IL17RBQ9NRM6 502 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 TMEM260Q9NX78 707 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ADAM22Q9P0K1 906 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZMYND8Q9ULU4 1186 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 STXBP3O00186 592 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 RGS16O15492 202 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 GSTA1P08263 222 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ITIH4Q14624 930 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 FBXO25Q8TCJ0 367 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 SH3GL3Q99963 347 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ZMYND12Q9H0C1 365 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CUEDC2Q9H467 287 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 OSGEPQ9NPF4 335 aa14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 BIN2Q9UBW5 565 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 NKX1-2Q9UD57 310 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DDX52Q9Y2R4 599 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 GTF3C5Q9Y5Q8 519 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 PPFIA2O75334 1257 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 FGFR4P22455 802 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 TUBP50607 506 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 TFAP4Q01664 338 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ADCY2Q08462 1091 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ECM1Q16610 540 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 ALKBH5Q6P6C2 394 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 IRF2BP2Q7Z5L9 587 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 LARP4BQ92615 738 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 CENPTQ96BT3 561 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 DYNLL2Q96FJ2 89 aa14.61□□□□□ -0.07
CCDC88C-201ENST00000331194 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP14.61□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.7 ms