RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	NECTIN1	Q15223	517 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	AAK1	Q2M2I8	961 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TKFC	Q3LXA3	575 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	BPHL	Q86WA6	291 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	HPS1	Q92902	700 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	IL25	Q9H293	177 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	STX8	Q9UNK0	236 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520		Q9Y3F1	56 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	WASF2	Q9Y6W5	498 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MYO7A	Q13402	2215 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ORC4	O43929	436 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF15	O94989	841 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CYP21A2	P08686	494 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A2	P36021	539 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ALDH5A1	P51649	535 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PURA	Q00577	322 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	BAAT	Q14032	418 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CCDC96	Q2M329	555 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DUSP28	Q4G0W2	176 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SPRED2	Q7Z698	418 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	GMCL1	Q96IK5	515 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NEK1	Q96PY6	1258 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	UBAC1	Q9BSL1	405 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	LRFN3	Q9BTN0	628 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF1	Q9BXJ1	281 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SEZ6L	Q9BYH1	1024 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	WDR11	Q9BZH6	1224 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	VTA1	Q9NP79	307 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		10.14	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C5orf42	Q9H799	3197 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PTPDC1	A2A3K4	754 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NFIB	O00712	420 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	FOXP2	O15409	715 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PFKM	P08237	780 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ACTN1	P12814	892 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MCM5	P33992	734 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	HSPA4	P34932	840 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TAP1	Q03518	808 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C8orf34	Q49A92	452 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ZNF787	Q6DD87	383 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TMTC2	Q8N394	836 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RETREG2	Q8NC44	543 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	COPS5	Q92905	334 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	IL17RB	Q9NRM6	502 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RALGAPA2	Q2PPJ7	1873 aa		10.13	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520		B4E1Z4	1266 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	IFIT3	O14879	490 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G6	O60733	806 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	FGR	P09769	529 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	IQCF3	P0C7M6	154 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CALML3	P27482	149 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CPT1A	P50416	773 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NR6A1	Q15406	480 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C4orf48	Q5BLP8	95 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NFXL1	Q6ZNB6	911 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MORC4	Q8TE76	937 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TTC14	Q96N46	770 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SLC9A7	Q96T83	725 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MTG1	Q9BT17	334 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	BACH2	Q9BYV9	841 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ADD3	Q9UEY8	706 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	LAMA4	Q16363	1823 aa		10.12	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	KIF28P	B7ZC32	967 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ICAM1	P05362	532 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC15	P60006	121 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	GRB10	Q13322	594 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SLC30A10	Q6XR72	485 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RANBP17	Q9H2T7	1088 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	KAT14	Q9H8E8	782 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	FKBPL	Q9UIM3	349 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	COG5	Q9UP83	839 aa		10.11	□□□□□ -0.79

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