RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	YLR271W	Q06152	274 aa		5.15	□□□□□ -1.58
VHS3	YOR054C	YGR130C	P53278	816 aa		5.14	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	SNF7	P39929	240 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	RLF2	Q12495	606 aa		5.13	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	YLR419W	Q06698	1435 aa	Known RBP	5.12	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	TY3B-G	Q99315	1547 aa		5.12	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	NOP53	Q12080	455 aa	Known RBP	5.11	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	MGA2	P40578	1113 aa		5.11	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	NUG1	P40010	520 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	ENV11	P53246	860 aa		5.09	□□□□□ -1.59
VHS3	YOR054C	FUN12	P39730	1002 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	TY1B-NL2	Q99337	1749 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	PAF1	P38351	445 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	BNR1	P40450	1375 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	YAP3	P38749	330 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	ROX1	P25042	368 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	KRI1	P42846	591 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	YKR023W	P36119	530 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	RSM7	P47150	247 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	RNA1	P11745	407 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	MAK10	Q02197	733 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	FPR4	Q06205	392 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	HAP1	P0CE41	1502 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	DEF1	P35732	738 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	SLN1	P39928	1220 aa	Predicted RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	DMA2	P53924	522 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	CAT8	P39113	1433 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	YBT1	P32386	1661 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	NAP1	P25293	417 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	CTR9	P89105	1077 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VHS3	YOR054C	YIR014W	P40570	242 aa		5.02	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	DJP1	P40564	432 aa		5.02	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	CST9	Q06032	482 aa		5.02	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	NOP58	Q12499	511 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	NUP188	P52593	1655 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	RIX1	P38883	763 aa	Predicted RBP	5.01	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	RPN1	P38764	993 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	YMR196W	Q04336	1088 aa		5	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	MHP1	P43638	1398 aa		5	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	YPP1	P46951	817 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	SPC110	P32380	944 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	RAD26	P40352	1085 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	YRB30	P53107	440 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	IML1	P47170	1584 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	EDE1	P34216	1381 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	NOT3	P06102	836 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	HO	P09932	586 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	PCT1	P13259	424 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	GCN2	P15442	1659 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	SMC3	P47037	1230 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	YSP2	Q06681	1438 aa		4.96	□□□□□ -1.61
VHS3	YOR054C	SPT2	P06843	333 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	IFH1	P39520	1085 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	TFC8	Q12308	588 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	GEA1	P47102	1408 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	VMR1	P38735	1592 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	NMD2	P38798	1089 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	AI2	P03876	854 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	SPB4	P25808	606 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	MSP1	P28737	362 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	UBP9	P39967	754 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	PSH1	Q12161	406 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	SWE1	P32944	819 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	VPS24	P36095	224 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	ARL1	P38116	183 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	KIP3	P53086	805 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	DCD1	P06773	312 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	ORC1	P54784	914 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	RVB2	Q12464	471 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	CDC45	Q08032	650 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	CLB5	P30283	435 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	THI12	P42883	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	THI5	P43534	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	THI11	P47183	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	THI13	Q07748	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	SET1	P38827	1080 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	BBC1	P47068	1157 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	NST1	P53935	1240 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VHS3	YOR054C	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	VPS27	P40343	622 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	CKB1	P43639	278 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	HSP82	P02829	709 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	SIC1	P38634	284 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	DSN1	P40568	576 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	YNL011C	P53980	444 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	MSH3	P25336	1018 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	RAM2	P29703	316 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	MSH4	P40965	878 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	VPS70	P47161	811 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	VPS4	P52917	437 aa		4.89	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	PDR5	P33302	1511 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	TPM2	P40414	161 aa		4.88	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	PDS5	Q04264	1277 aa		4.88	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	RPP0	P05317	312 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	TEA1	P47988	759 aa		4.87	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	DOS2	P54858	310 aa		4.87	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	PRP3	Q03338	469 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
VHS3	YOR054C	MED8	P38304	223 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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