RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	YNL146W	P53906	100 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YPL034W	Q03083	165 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ARP10	Q04549	284 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DUS3	Q06053	668 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TMA46	Q12000	345 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AIM41	Q12032	185 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NCA2	Q12374	616 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	Q0182	Q9ZZW1	134 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TY1B-BR	Q12193	1756 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TY1B-GR3	Q12316	1755 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TY1B-OR	Q92393	1755 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YMR084W	A2P2R3	262 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TRX2	P22803	104 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RPS7A	P26786	190 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DBF20	P32328	564 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	KTR2	P33550	425 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CUE2	P36075	443 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NAT2	P37293	288 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	KTR4	P38131	464 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	COS111	P38308	924 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	IMD2	P38697	523 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CCT2	P39076	527 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GDH3	P39708	457 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SMX2	P40204	77 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GYP8	P43570	497 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	EPL1	P43572	832 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	COX16	P47081	118 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BPL1	P48445	690 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TOM22	P49334	152 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HOL1	P53389	586 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DSE4	P53753	1117 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ERG5	P54781	538 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CLU1	Q03690	1277 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CSI1	Q04368	295 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RBS1	Q05672	457 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SPO77	Q06134	477 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YAP7	Q08182	245 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SPE3	Q12074	293 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AEP3	Q12089	606 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TAH18	Q12181	623 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ARP7	Q12406	477 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AI1	P03875	834 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	STE3	P06783	470 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CBP6	P07253	162 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MRP2	P10663	115 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MTF2	P10849	440 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CLN2	P20438	545 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AEP2	P22136	580 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
PRP28	YDR243C	MLF3	P32047	452 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SRB4	P32569	687 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GRX4	P32642	244 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RRN3	P36070	627 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YKR078W	P36158	585 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	STV1	P37296	890 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AAP1	P37898	856 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TDA3	P38758	523 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SMF2	P38778	549 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YNG2	P38806	282 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	LNP1	P38878	278 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	VMA7	P39111	118 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SSO2	P39926	295 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AIM10	P39965	576 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GID8	P40208	455 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	UTP25	P40498	721 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	INP51	P40559	946 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MMM1	P41800	426 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	FMP32	P43557	207 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BIR1	P47134	954 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MNT2	P53059	558 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RMR1	P53060	241 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YGR111W	P53265	400 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RNH70	P53331	553 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	LGE1	Q02796	332 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	KAP120	Q02932	1032 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	OYE2	Q03558	400 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YDR239C	Q03780	787 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	URC2	Q04411	772 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GMC2	Q06201	188 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TOS4	Q06266	489 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PUF3	Q07807	879 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
PRP28	YDR243C	PEX15	Q08215	383 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ELG1	Q12050	791 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ATG34	Q12292	412 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	APM4	Q99186	491 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DOP1	Q03921	1698 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	URA3	P03962	267 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	MATALPHA2	P0CY08	210 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	HMLALPHA2	P0CY09	210 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	CAD1	P24813	409 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	RPS5	P26783	225 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	RPT5	P33297	434 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	YBL055C	P34220	418 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	YKT6	P36015	200 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	SDS22	P36047	338 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	STB6	P36085	766 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	AIM2	P39721	246 aa		4.53	□□□□□ -1.69
PRP28	YDR243C	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.69

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