RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-215ENST00000496447 CRYBG3Q68DQ2 2970 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRF-215ENST00000496447 FRYLO94915 3013 aa7.14□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 KALRNO60229 2985 aa7.14□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 CELSR3Q9NYQ7 3312 aa7.13□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 APCP25054 2843 aa7.13□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 DMXL2Q8TDJ6 3036 aa7.12□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 LRBAP50851 2863 aa7.1□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 TNP1P09430 55 aa7.09□□□□□ -1.27
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP1-4P0C5Y4 121 aa7.09□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 XP32Q5T750 250 aa7.09□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 FREM2Q5SZK8 3169 aa7.08□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 NIPBLQ6KC79 2804 aaeCLIP7.07□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 LAMA1P25391 3075 aa7.06□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 SZT2Q5T011 3432 aa7.05□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 ASH1LQ9NR48 2969 aaKnown RBP7.02□□□□□ -1.28
PTPRF-215ENST00000496447 A0A1B0GVY2 172 aa7.02□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 EYSQ5T1H1 3165 aa7.01□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 ADGRG4Q8IZF6 3080 aa7.01□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 H0YAA0 97 aa7.01□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa7□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 TPRXLQ17RH7 258 aa6.99□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 CELSR2Q9HCU4 2923 aa6.99□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 VCANP13611 3396 aa6.97□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 ZZEF1O43149 2961 aa6.96□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP10-8P60410 259 aa6.96□□□□□ -1.29
PTPRF-215ENST00000496447 C10orf95Q9H7T3 257 aa6.96□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 COL6A3P12111 3177 aa6.95□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 NBEAQ8NFP9 2946 aa6.94□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 PP632Q6XCG6 107 aa6.94□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 P0C880 135 aa6.93□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 DCHS2Q6V1P9 2916 aa6.92□□□□□ -1.3
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP10-10P60014 251 aa6.89□□□□□ -1.31
PTPRF-215ENST00000496447 CFAP47Q6ZTR5 3102 aa6.87□□□□□ -1.31
PTPRF-215ENST00000496447 DNAH14Q0VDD8 3507 aa6.86□□□□□ -1.31
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP13-3Q3SY46 172 aa6.84□□□□□ -1.31
PTPRF-215ENST00000496447 ZANQ9Y493 2812 aa6.83□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP6.83□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 TENM1Q9UKZ4 2725 aa6.81□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 TENM3Q9P273 2699 aa6.79□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 TENM2Q9NT68 2774 aa6.79□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 NF1P21359 2839 aa6.78□□□□□ -1.32
PTPRF-215ENST00000496447 USP34Q70CQ2 3546 aa6.77□□□□□ -1.33
PTPRF-215ENST00000496447 PRO2289Q9P1D8 64 aa6.77□□□□□ -1.33
PTPRF-215ENST00000496447 DMXL1Q9Y485 3027 aa6.72□□□□□ -1.33
PTPRF-215ENST00000496447 HRNRQ86YZ3 2850 aaPredicted RBP6.71□□□□□ -1.33
PTPRF-215ENST00000496447 SPTBN5Q9NRC6 3674 aaKnown RBP6.71□□□□□ -1.34
PTPRF-215ENST00000496447 SPEGQ15772 3267 aa6.69□□□□□ -1.34
PTPRF-215ENST00000496447 FBN2P35556 2912 aa6.64□□□□□ -1.35
PTPRF-215ENST00000496447 MXRA5Q9NR99 2828 aa6.58□□□□□ -1.36
PTPRF-215ENST00000496447 CELSR1Q9NYQ6 3014 aa6.57□□□□□ -1.36
PTPRF-215ENST00000496447 PKD1L1Q8TDX9 2849 aa6.55□□□□□ -1.36
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP3-3Q9BYR6 98 aa6.54□□□□□ -1.36
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP3-2Q9BYR7 98 aa6.54□□□□□ -1.36
PTPRF-215ENST00000496447 TGP01266 2768 aa6.49□□□□□ -1.37
PTPRF-215ENST00000496447 LOC400499M0QZD8 3231 aa6.47□□□□□ -1.37
PTPRF-215ENST00000496447 VWFP04275 2813 aa6.43□□□□□ -1.38
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP12-2P59991 146 aa6.43□□□□□ -1.38
PTPRF-215ENST00000496447 MYO15AQ9UKN7 3530 aa6.39□□□□□ -1.39
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP15-1Q3LI76 137 aa6.36□□□□□ -1.39
PTPRF-215ENST00000496447 PDZD2O15018 2839 aa6.35□□□□□ -1.39
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP12-1P59990 96 aa6.33□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 DCHS1Q96JQ0 3298 aa6.33□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP13-4Q3LI77 160 aa6.31□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 WDFY3Q8IZQ1 3526 aa6.3□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 RELNP78509 3460 aa6.3□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 NBPF19A0A087WUL8 3843 aa6.27□□□□□ -1.4
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP3-1Q9BYR8 98 aa6.23□□□□□ -1.41
PTPRF-215ENST00000496447 OTOGQ6ZRI0 2925 aa6.2□□□□□ -1.42
PTPRF-215ENST00000496447 INE1O15225 51 aa6.19□□□□□ -1.42
PTPRF-215ENST00000496447 FBN1P35555 2871 aaKnown RBP6.16□□□□□ -1.42
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP10-6P60371 365 aaPredicted RBP6.15□□□□□ -1.43
PTPRF-215ENST00000496447 MT1HL1P0DM35 61 aa6.14□□□□□ -1.43
PTPRF-215ENST00000496447 SRRM2Q9UQ35 2752 aaKnown RBP6.13□□□□□ -1.43
PTPRF-215ENST00000496447 ASPMQ8IZT6 3477 aa6.13□□□□□ -1.43
PTPRF-215ENST00000496447 ZFHX3Q15911 3703 aa6.12□□□□□ -1.43
PTPRF-215ENST00000496447 ANK3Q12955 4377 aaKnown RBP6.09□□□□□ -1.44
PTPRF-215ENST00000496447 LAMA5O15230 3695 aa6.04□□□□□ -1.44
PTPRF-215ENST00000496447 FBN3Q75N90 2809 aa6.01□□□□□ -1.45
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP4-5Q9BYR2 181 aa6.01□□□□□ -1.45
PTPRF-215ENST00000496447 ZFHX4Q86UP3 3567 aa6□□□□□ -1.45
PTPRF-215ENST00000496447 MEGF8Q7Z7M0 2845 aa5.93□□□□□ -1.46
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP10-4P60372 401 aaPredicted RBP5.91□□□□□ -1.46
PTPRF-215ENST00000496447 COL7A1Q02388 2944 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP10-12P60413 245 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRF-215ENST00000496447 LCE2DQ5TA82 110 aaPredicted RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRF-215ENST00000496447 CSMD1Q96PZ7 3565 aa5.84□□□□□ -1.47
PTPRF-215ENST00000496447 CRCT1Q9UGL9 99 aa5.83□□□□□ -1.48
PTPRF-215ENST00000496447 TRRAPQ9Y4A5 3859 aa5.82□□□□□ -1.48
PTPRF-215ENST00000496447 DMDP11532 3685 aa5.8□□□□□ -1.48
PTPRF-215ENST00000496447 CSMD2Q7Z408 3487 aa5.79□□□□□ -1.48
PTPRF-215ENST00000496447 HUWE1Q7Z6Z7 4374 aaKnown RBP5.78□□□□□ -1.48
PTPRF-215ENST00000496447 SPENQ96T58 3664 aaKnown RBP5.76□□□□□ -1.49
PTPRF-215ENST00000496447 ALMS1Q8TCU4 4167 aa5.75□□□□□ -1.49
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP23-1A1A580 65 aa5.75□□□□□ -1.49
PTPRF-215ENST00000496447 SMG1Q96Q15 3661 aaKnown RBP5.75□□□□□ -1.49
PTPRF-215ENST00000496447 KRTAP12-3P60328 96 aa5.67□□□□□ -1.5
PTPRF-215ENST00000496447 MUC3AQ02505 3323 aa5.66□□□□□ -1.5
PTPRF-215ENST00000496447 SVEP1Q4LDE5 3571 aa5.65□□□□□ -1.5
PTPRF-215ENST00000496447 LCE3AQ5TA76 89 aa5.59□□□□□ -1.52
PTPRF-215ENST00000496447 LORP23490 312 aaPredicted RBP5.55□□□□□ -1.52
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.3 ms