RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 COL6A5A8TX70 2615 aa5.04□□□□□ -1.6
PTPRB-209ENST00000550857 CSAG1Q6PB30 78 aa5.04□□□□□ -1.6
PTPRB-209ENST00000550857 KRTAP10-1P60331 282 aa5.03□□□□□ -1.6
PTPRB-209ENST00000550857 SPRR1BP22528 89 aa5.03□□□□□ -1.6
PTPRB-209ENST00000550857 RPS29P62273 56 aaKnown RBP5.03□□□□□ -1.6
PTPRB-209ENST00000550857 IGLV5-48A0A075B6I7 105 aa5.02□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 K7EQZ3 153 aa5.02□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 C1orf195Q5TG92 126 aa5.01□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 LITAFQ99732 161 aa5.01□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 FLNCQ14315 2725 aa5.01□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 MPLKIPQ8TAP9 179 aa5.01□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 CHD6Q8TD26 2715 aa5□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 ATMQ13315 3056 aa5□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 ADGRG4Q8IZF6 3080 aa4.98□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 IGLV8-61A0A075B6I0 122 aa4.98□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 FAM104AQ969W3 186 aa4.98□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 LOC400499M0QZD8 3231 aa4.97□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 FAM218AQ96MZ4 157 aa4.97□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 SPRR1AP35321 89 aa4.97□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 ZCCHC13Q8WW36 166 aaKnown RBP4.97□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 ANAPC11Q9NYG5 84 aa4.96□□□□□ -1.61
PTPRB-209ENST00000550857 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP4.96□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 MUC3AQ02505 3323 aa4.96□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 A0A087WVE0 104 aa4.96□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 KRTAP10-2P60368 255 aa4.95□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 DMDP11532 3685 aa4.94□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 COL12A1Q99715 3063 aa4.93□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 ITPR1Q14643 2758 aa4.93□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 LRBAP50851 2863 aa4.93□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 KALRNO60229 2985 aa4.92□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 UQCR11O14957 56 aa4.92□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 UBR5O95071 2799 aaPredicted RBP4.92□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 TEX15Q9BXT5 2789 aa4.92□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 CAMK2N1Q7Z7J9 78 aa4.91□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 KRTAP1-5Q9BYS1 174 aa4.91□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP4.91□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 LINC01600Q96MT4 127 aa4.91□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 NOTCH1P46531 2555 aa4.91□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP4.9□□□□□ -1.62
PTPRB-209ENST00000550857 LINC00483Q53H64 154 aa4.9□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 HRNRQ86YZ3 2850 aaPredicted RBP4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 WDFY3Q8IZQ1 3526 aa4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 A0A1W2PNM2 257 aa4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 UTP20O75691 2785 aaKnown RBP4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 CRIPTQ9P021 101 aa4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 NBEAQ8NFP9 2946 aa4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 S4R3F8 94 aa4.89□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 SPANXA2-OT1Q8N9U9 137 aa4.87□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 CYP4F30PQ9H0H9 118 aa4.87□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 APCP25054 2843 aa4.86□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 KRTAP26-1Q6PEX3 210 aa4.85□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 PLAC4Q8WY50 150 aa4.85□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 Q6ZRN7 208 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 ZZEF1O43149 2961 aa4.84□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 NSD1Q96L73 2696 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
PTPRB-209ENST00000550857 ASB16-AS1Q495Z4 193 aa4.84□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 COA5Q86WW8 74 aa4.83□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 SPINK7P58062 85 aa4.83□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 LINC01554Q52M75 96 aa4.83□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 ITPR2Q14571 2701 aa4.82□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 DCHS1Q96JQ0 3298 aa4.81□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 Q5XG85 94 aa4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 CFAP47Q6ZTR5 3102 aa4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 R4GN34 69 aa4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 LAMA5O15230 3695 aa4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 EIF4EBP3O60516 100 aaPredicted RBP4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 PRO0461Q9UI25 63 aa4.8□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 PMAIP1Q13794 54 aa4.79□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 SMCPP49901 116 aaPredicted RBP4.79□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 H3BS24 57 aa4.78□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 SPINT4Q6UDR6 99 aa4.78□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa4.78□□□□□ -1.64
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC179H3BU77 68 aa4.77□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 ASPMQ8IZT6 3477 aa4.77□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 CDC42SE1Q9NRR8 79 aa4.77□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 HIVEP1P15822 2718 aa4.76□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 PSPHP1O15172 72 aa4.76□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 MIR22HGQ0VDD5 57 aa4.76□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 TACC2O95359 2948 aa4.76□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 ZFHX4Q86UP3 3567 aa4.76□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 PRO0628Q9UI54 55 aa4.75□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 RELNP78509 3460 aa4.75□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 Q75L30 129 aa4.75□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 DMAC1Q96GE9 116 aa4.75□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 ZANQ9Y493 2812 aa4.75□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 DMBT1Q9UGM3 2413 aaPredicted RBP4.74□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 STAB2Q8WWQ8 2551 aa4.74□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 KLKP1Q107X0 134 aa4.73□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 MMP24-AS1A0A0U1RRL7 71 aa4.73□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 LINC00472Q9H8W2 130 aa4.73□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 RPS28P62857 69 aaKnown RBP4.73□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 KRTAP29-1A8MX34 341 aaPredicted RBP4.73□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 CELSR2Q9HCU4 2923 aa4.72□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 C4orf26Q17RF5 130 aa4.72□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 RPL37P61927 97 aaKnown RBP4.71□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 H1FX-AS1Q4G0G2 97 aa4.71□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 LCA10Q71F78 164 aa4.71□□□□□ -1.65
PTPRB-209ENST00000550857 A0A0G2JQZ4 141 aa4.71□□□□□ -1.66
PTPRB-209ENST00000550857 CRYBG3Q68DQ2 2970 aa4.71□□□□□ -1.66
PTPRB-209ENST00000550857 FBN2P35556 2912 aa4.71□□□□□ -1.66
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.6 ms