RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 DCAF8L2P0C7V8 631 aa14.47□□□□□ -0.09
PTPRB-209ENST00000550857 NISCHQ9Y2I1 1504 aa14.44□□□□□ -0.1
PTPRB-209ENST00000550857 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP13.69□□□□□ -0.22
PTPRB-209ENST00000550857 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP12.96□□□□□ -0.33
PTPRB-209ENST00000550857 APLP2Q06481 763 aa12.95□□□□□ -0.34
PTPRB-209ENST00000550857 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa12.8□□□□□ -0.36
PTPRB-209ENST00000550857 ABCC9O60706 1549 aa12.66□□□□□ -0.38
PTPRB-209ENST00000550857 MYT1LQ9UL68 1186 aa12.37□□□□□ -0.43
PTPRB-209ENST00000550857 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP12.36□□□□□ -0.43
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM41Q8WV44 630 aa12.36□□□□□ -0.43
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa12.31□□□□□ -0.44
PTPRB-209ENST00000550857 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP12.31□□□□□ -0.44
PTPRB-209ENST00000550857 UBTFP17480 764 aaKnown RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRB-209ENST00000550857 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP12.27□□□□□ -0.44
PTPRB-209ENST00000550857 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.44
PTPRB-209ENST00000550857 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP12.16□□□□□ -0.46
PTPRB-209ENST00000550857 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRB-209ENST00000550857 EHMT2Q96KQ7 1210 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRB-209ENST00000550857 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP12.08□□□□□ -0.48
PTPRB-209ENST00000550857 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-209ENST00000550857 FBLN2P98095 1184 aa12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-209ENST00000550857 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-209ENST00000550857 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-209ENST00000550857 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP11.99□□□□□ -0.49
PTPRB-209ENST00000550857 NACADO15069 1562 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRB-209ENST00000550857 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP11.96□□□□□ -0.49
PTPRB-209ENST00000550857 SCRIBQ14160 1630 aa11.89□□□□□ -0.51
PTPRB-209ENST00000550857 ERCC6Q03468 1493 aa11.8□□□□□ -0.52
PTPRB-209ENST00000550857 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP11.77□□□□□ -0.53
PTPRB-209ENST00000550857 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP11.75□□□□□ -0.53
PTPRB-209ENST00000550857 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa11.72□□□□□ -0.53
PTPRB-209ENST00000550857 BCANQ96GW7 911 aa11.68□□□□□ -0.54
PTPRB-209ENST00000550857 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP11.63□□□□□ -0.55
PTPRB-209ENST00000550857 CHIC1Q5VXU3 224 aa11.63□□□□□ -0.55
PTPRB-209ENST00000550857 STAG3Q9UJ98 1225 aa11.62□□□□□ -0.55
PTPRB-209ENST00000550857 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP11.6□□□□□ -0.55
PTPRB-209ENST00000550857 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP11.59□□□□□ -0.55
PTPRB-209ENST00000550857 PDS5BQ9NTI5 1447 aa11.58□□□□□ -0.56
PTPRB-209ENST00000550857 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP11.56□□□□□ -0.56
PTPRB-209ENST00000550857 PCGF6Q9BYE7 350 aa11.53□□□□□ -0.56
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM52Q96A61 297 aa11.53□□□□□ -0.56
PTPRB-209ENST00000550857 TRHP20396 242 aaPredicted RBP11.52□□□□□ -0.56
PTPRB-209ENST00000550857 NEFMP07197 916 aa11.52□□□□□ -0.57
PTPRB-209ENST00000550857 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP11.51□□□□□ -0.57
PTPRB-209ENST00000550857 ITGAEP38570 1179 aa11.51□□□□□ -0.57
PTPRB-209ENST00000550857 MYO15BQ96JP2 1530 aa11.5□□□□□ -0.57
PTPRB-209ENST00000550857 CSRNP3Q8WYN3 585 aa11.5□□□□□ -0.57
PTPRB-209ENST00000550857 TSPY4P0CV99 314 aa11.46□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 TSPY10P0CW01 314 aa11.46□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 PLEKHD1A6NEE1 506 aa11.45□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 SMARCA2P51531 1590 aa11.43□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP11.43□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP11.42□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP11.42□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 NEFLP07196 543 aa11.41□□□□□ -0.58
PTPRB-209ENST00000550857 POLR3GLQ9BT43 218 aa11.4□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 HDGFP51858 240 aaKnown RBP11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 CECR2Q9BXF3 1484 aa11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 EEA1Q15075 1411 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-209ENST00000550857 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 KIF27Q86VH2 1401 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 CHGAP10645 457 aaKnown RBP11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 P3H3Q8IVL6 736 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 PLPPR3Q6T4P5 718 aa11.29□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 C14orf37Q86TY3 774 aa11.29□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP11.29□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 ABCC8Q09428 1581 aa11.28□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP11.28□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP11.27□□□□□ -0.6
PTPRB-209ENST00000550857 OSCARQ8IYS5 282 aa11.27□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 MTUS2Q5JR59 1369 aa11.27□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP11.27□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 ARID3CA6NKF2 412 aa11.25□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 KCNH8Q96L42 1107 aa11.24□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP11.23□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa11.22□□□□□ -0.61
PTPRB-209ENST00000550857 CLIP1P30622 1438 aa11.2□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 SLC24A1O60721 1099 aa11.19□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 CADPSQ9ULU8 1353 aa11.18□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 KANK1Q14678 1352 aa11.18□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 CEP164Q9UPV0 1460 aa11.17□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP11.16□□□□□ -0.62
PTPRB-209ENST00000550857 FOXD1Q16676 465 aa11.14□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 MROH2BQ7Z745 1585 aa11.14□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 ERICH6Q7L0X2 663 aa11.13□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP11.12□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP11.11□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP11.11□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa11.1□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 FHAD1B1AJZ9 1412 aa11.09□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 SOGA1O94964 1423 aa11.09□□□□□ -0.63
PTPRB-209ENST00000550857 CDCA8Q53HL2 280 aa11.08□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 RSPH4AQ5TD94 716 aa11.05□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP11.05□□□□□ -0.64
PTPRB-209ENST00000550857 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa11.04□□□□□ -0.64
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.2 ms