RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635152.1

BRF1-222, Transcript of BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit, human

TSL 2

Gene BRF1, Length 2,876 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
BRF1-222	ENST00000635152	MIER1	Q8N108	512 aa		19.25	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		19.24	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		19.23	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	TIAM1	Q13009	1591 aa		19.22	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		19.22	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	19.22	■□□□□ 0.67
BRF1-222	ENST00000635152	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	19.2	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		19.2	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		19.19	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		19.19	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	19.18	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		19.17	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		19.15	■□□□□ 0.66
BRF1-222	ENST00000635152	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	19.14	■□□□□ 0.65
BRF1-222	ENST00000635152	MAP3K1	Q13233	1512 aa		19.14	■□□□□ 0.65
BRF1-222	ENST00000635152	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		19.12	■□□□□ 0.65
BRF1-222	ENST00000635152	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		19.09	■□□□□ 0.65
BRF1-222	ENST00000635152	CUL7	Q14999	1698 aa		19.07	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		19.06	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		19.05	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		19.04	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		19.04	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		19.03	■□□□□ 0.64
BRF1-222	ENST00000635152	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		19.02	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	FMN1	Q68DA7	1419 aa		19.01	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		19	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		19	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	WDR97	A6NE52	1622 aa		18.98	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		18.98	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	MAPKBP1	O60336	1514 aa		18.98	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		18.97	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		18.97	■□□□□ 0.63
BRF1-222	ENST00000635152	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	18.96	■□□□□ 0.63	4e-7	■■■■■ 29.9
BRF1-222	ENST00000635152	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		18.94	■□□□□ 0.62
BRF1-222	ENST00000635152	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		18.9	■□□□□ 0.62
BRF1-222	ENST00000635152	ARID3C	A6NKF2	412 aa		18.88	■□□□□ 0.61
BRF1-222	ENST00000635152	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	18.86	■□□□□ 0.61
BRF1-222	ENST00000635152	SAMD9	Q5K651	1589 aa		18.86	■□□□□ 0.61
BRF1-222	ENST00000635152	MYT1	Q01538	1121 aa		18.85	■□□□□ 0.61
BRF1-222	ENST00000635152	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	18.83	■□□□□ 0.61	5e-6	■■■■■ 46.2
BRF1-222	ENST00000635152	GRIN2B	Q13224	1484 aa		18.83	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	NCOA2	Q15596	1464 aa		18.83	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	PTPRK	Q15262	1439 aa		18.82	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	18.81	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		18.8	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		18.78	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		18.78	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		18.77	■□□□□ 0.6
BRF1-222	ENST00000635152	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		18.76	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	18.76	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		18.75	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	18.75	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	18.74	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		18.74	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	PBRM1	Q86U86	1689 aa		18.74	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	KCNH8	Q96L42	1107 aa		18.73	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	HFM1	A2PYH4	1435 aa		18.73	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	IQGAP2	Q13576	1575 aa		18.72	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		18.72	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		18.71	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	18.71	■□□□□ 0.59
BRF1-222	ENST00000635152	NAIP	Q13075	1403 aa		18.71	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	ADAMTS12	P58397	1594 aa		18.7	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	TONSL	Q96HA7	1378 aa		18.7	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	18.7	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	18.69	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	UACA	Q9BZF9	1416 aa		18.68	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		18.68	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		18.68	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	18.67	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	TRIM52	Q96A61	297 aa		18.66	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	HECW1	Q76N89	1606 aa		18.64	■□□□□ 0.58
BRF1-222	ENST00000635152	IFT140	Q96RY7	1462 aa		18.64	■□□□□ 0.57
BRF1-222	ENST00000635152	FBLN2	P98095	1184 aa		18.63	■□□□□ 0.57
BRF1-222	ENST00000635152	ARHGEF11	O15085	1522 aa		18.62	■□□□□ 0.57
BRF1-222	ENST00000635152	ERCC6	Q03468	1493 aa		18.58	■□□□□ 0.57
BRF1-222	ENST00000635152	WDR62	O43379	1518 aa		18.58	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	18.57	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		18.56	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	18.55	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	FOXD1	Q16676	465 aa		18.55	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	18.55	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	DISP1	Q96F81	1524 aa		18.55	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	GRIN2A	Q12879	1464 aa		18.53	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	MIA2	Q96PC5	1412 aa		18.52	■□□□□ 0.56
BRF1-222	ENST00000635152	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	18.51	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		18.51	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	KIAA0556	O60303	1618 aa		18.51	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	KDM6B	O15054	1643 aa		18.5	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	18.5	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	18.5	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	ANP32C	O43423	234 aa		18.5	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	18.49	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	18.47	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	18.46	■□□□□ 0.55
BRF1-222	ENST00000635152	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	18.45	■□□□□ 0.54
BRF1-222	ENST00000635152	DAPK1	P53355	1430 aa		18.44	■□□□□ 0.54
BRF1-222	ENST00000635152	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		18.44	■□□□□ 0.54
BRF1-222	ENST00000635152	AKNA	Q7Z591	1439 aa		18.43	■□□□□ 0.54
BRF1-222	ENST00000635152	JPH4	Q96JJ6	628 aa		18.43	■□□□□ 0.54

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