RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568472.6

CLN3-234, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 1,011 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-234ENST00000568472 JPH4Q96JJ6 628 aa36.36■■■■□ 3.41
CLN3-234ENST00000568472 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36.3■■■■□ 3.4
CLN3-234ENST00000568472 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36.3■■■■□ 3.4
CLN3-234ENST00000568472 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36.3■■■■□ 3.4
CLN3-234ENST00000568472 SHROOM2Q13796 1616 aa36.27■■■■□ 3.4
CLN3-234ENST00000568472 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP36.2■■■■□ 3.39
CLN3-234ENST00000568472 IQGAP2Q13576 1575 aa36.18■■■■□ 3.38
CLN3-234ENST00000568472 KIF21BO75037 1637 aa36.16■■■■□ 3.38
CLN3-234ENST00000568472 CYB5RLQ6IPT4 315 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-234ENST00000568472 ARAP1Q96P48 1450 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-234ENST00000568472 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa36.06■■■■□ 3.36
CLN3-234ENST00000568472 ERCC6L2Q5T890 1561 aa36.05■■■■□ 3.36
CLN3-234ENST00000568472 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa36.04■■■■□ 3.36
CLN3-234ENST00000568472 UGGT2Q9NYU1 1516 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-234ENST00000568472 GOLGA3Q08378 1498 aa36.02■■■■□ 3.36
CLN3-234ENST00000568472 UBTFP17480 764 aaKnown RBP35.96■■■■□ 3.35
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CLN3-234ENST00000568472 TNIKQ9UKE5 1360 aa35.89■■■■□ 3.34
CLN3-234ENST00000568472 PTPRGP23470 1445 aa35.85■■■■□ 3.33
CLN3-234ENST00000568472 EHMT2Q96KQ7 1210 aa35.85■■■■□ 3.33
CLN3-234ENST00000568472 KIAA0556O60303 1618 aa35.79■■■■□ 3.32
CLN3-234ENST00000568472 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP35.68■■■■□ 3.3
CLN3-234ENST00000568472 SAMD9Q5K651 1589 aa35.67■■■■□ 3.3
CLN3-234ENST00000568472 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP35.66■■■■□ 3.3
CLN3-234ENST00000568472 EFCAB5A4FU69 1503 aa35.64■■■■□ 3.3
CLN3-234ENST00000568472 P3H3Q8IVL6 736 aa35.63■■■■□ 3.29
CLN3-234ENST00000568472 UACAQ9BZF9 1416 aa35.6■■■■□ 3.29
CLN3-234ENST00000568472 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP35.6■■■■□ 3.29
CLN3-234ENST00000568472 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa35.56■■■■□ 3.28
CLN3-234ENST00000568472 ADCY10Q96PN6 1610 aa35.51■■■■□ 3.28
CLN3-234ENST00000568472 ABCC2Q92887 1545 aa35.48■■■■□ 3.27
CLN3-234ENST00000568472 FHOD3Q2V2M9 1422 aa35.48■■■■□ 3.27
CLN3-234ENST00000568472 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa35.46■■■■□ 3.27
CLN3-234ENST00000568472 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa35.45■■■■□ 3.27
CLN3-234ENST00000568472 PLB1Q6P1J6 1458 aa35.44■■■■□ 3.26
CLN3-234ENST00000568472 ABCA8O94911 1581 aa35.42■■■■□ 3.26
CLN3-234ENST00000568472 CLIP1P30622 1438 aa35.39■■■■□ 3.26
CLN3-234ENST00000568472 FMN1Q68DA7 1419 aa35.36■■■■□ 3.25
CLN3-234ENST00000568472 KDM5BQ9UGL1 1544 aa35.36■■■■□ 3.25
CLN3-234ENST00000568472 MAPKBP1O60336 1514 aa35.32■■■■□ 3.25
CLN3-234ENST00000568472 TRHP20396 242 aaPredicted RBP35.29■■■■□ 3.24
CLN3-234ENST00000568472 CEP162Q5TB80 1403 aa35.27■■■■□ 3.24
CLN3-234ENST00000568472 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa35.26■■■■□ 3.24
CLN3-234ENST00000568472 ASXL2Q76L83 1435 aa35.19■■■■□ 3.22
CLN3-234ENST00000568472 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP35.18■■■■□ 3.22
CLN3-234ENST00000568472 ATP10BO94823 1461 aa35.17■■■■□ 3.22
CLN3-234ENST00000568472 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP35.16■■■■□ 3.22
CLN3-234ENST00000568472 ABCC10Q5T3U5 1492 aa35.13■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 ARID3CA6NKF2 412 aa35.09■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP35.09■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP35.09■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 FAM69CQ0P6D2 419 aa35.08■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP35.08■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa35.07■■■■□ 3.21
CLN3-234ENST00000568472 WDR7Q9Y4E6 1490 aa35.06■■■■□ 3.2
CLN3-234ENST00000568472 HECW1Q76N89 1606 aa35.05■■■■□ 3.2
CLN3-234ENST00000568472 PLEKHD1A6NEE1 506 aa35■■■■□ 3.19
CLN3-234ENST00000568472 DIP2BQ9P265 1576 aa35■■■■□ 3.19
CLN3-234ENST00000568472 FYCO1Q9BQS8 1478 aa34.99■■■■□ 3.19
CLN3-234ENST00000568472 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP34.98■■■■□ 3.19
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CLN3-234ENST00000568472 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP34.93■■■■□ 3.18
CLN3-234ENST00000568472 KCNH8Q96L42 1107 aa34.92■■■■□ 3.18
CLN3-234ENST00000568472 CCDC18Q5T9S5 1454 aa34.91■■■■□ 3.18
CLN3-234ENST00000568472 KIF13AQ9H1H9 1805 aa34.9■■■■□ 3.18
CLN3-234ENST00000568472 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP34.9■■■■□ 3.18
CLN3-234ENST00000568472 VPS8Q8N3P4 1428 aa34.86■■■■□ 3.17
CLN3-234ENST00000568472 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP34.73■■■■□ 3.15
CLN3-234ENST00000568472 CD109Q6YHK3 1445 aa34.73■■■■□ 3.15
CLN3-234ENST00000568472 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa34.72■■■■□ 3.15
CLN3-234ENST00000568472 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa34.72■■■■□ 3.15
CLN3-234ENST00000568472 CFAP43Q8NDM7 1665 aa34.69■■■■□ 3.14
CLN3-234ENST00000568472 ABCA9Q8IUA7 1624 aa34.68■■■■□ 3.14
CLN3-234ENST00000568472 TEX14Q8IWB6 1497 aa34.67■■■■□ 3.14
CLN3-234ENST00000568472 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa34.65■■■■□ 3.14
CLN3-234ENST00000568472 MTUS2Q5JR59 1369 aa34.6■■■■□ 3.13
CLN3-234ENST00000568472 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP34.59■■■■□ 3.13
CLN3-234ENST00000568472 TSPOAP1O95153 1857 aa34.58■■■■□ 3.13
CLN3-234ENST00000568472 KIF14Q15058 1648 aa34.58■■■■□ 3.13
CLN3-234ENST00000568472 MAP3K1Q13233 1512 aa34.57■■■■□ 3.12
CLN3-234ENST00000568472 APLP2Q06481 763 aa34.57■■■■□ 3.12
CLN3-234ENST00000568472 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP34.54■■■■□ 3.12
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CLN3-234ENST00000568472 TTC37Q6PGP7 1564 aa34.49■■■■□ 3.11
CLN3-234ENST00000568472 PLCH2O75038 1416 aa34.48■■■■□ 3.11
CLN3-234ENST00000568472 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa34.47■■■■□ 3.11
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CLN3-234ENST00000568472 CFAP74Q9C0B2 1584 aa34.35■■■■□ 3.09
CLN3-234ENST00000568472 MYO5CQ9NQX4 1742 aa34.35■■■■□ 3.09
CLN3-234ENST00000568472 CCNB3Q8WWL7 1395 aa34.35■■■■□ 3.09
CLN3-234ENST00000568472 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP34.34■■■■□ 3.09
CLN3-234ENST00000568472 AKNAQ7Z591 1439 aa34.33■■■■□ 3.09
CLN3-234ENST00000568472 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP34.3■■■■□ 3.08
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