RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568472.6

CLN3-234, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 1,011 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-234ENST00000568472 NISCHQ9Y2I1 1504 aa52.64■■■■■ 6.02
CLN3-234ENST00000568472 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa46.62■■■■■ 5.05
CLN3-234ENST00000568472 ABCC9O60706 1549 aa45.31■■■■■ 4.84
CLN3-234ENST00000568472 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.89■■■■■ 4.62
CLN3-234ENST00000568472 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP43.89■■■■■ 4.62
CLN3-234ENST00000568472 NACADO15069 1562 aa43.84■■■■■ 4.61
CLN3-234ENST00000568472 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.79■■■■■ 4.6
CLN3-234ENST00000568472 MYO15BQ96JP2 1530 aa43.74■■■■■ 4.59
CLN3-234ENST00000568472 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa43.64■■■■■ 4.58
CLN3-234ENST00000568472 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.57■■■■■ 4.41
CLN3-234ENST00000568472 SCRIBQ14160 1630 aa42.49■■■■■ 4.39
CLN3-234ENST00000568472 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP42.43■■■■■ 4.38
CLN3-234ENST00000568472 BICRAQ9NZM4 1560 aa42.35■■■■■ 4.37
CLN3-234ENST00000568472 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa42.13■■■■■ 4.34
CLN3-234ENST00000568472 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.32■■■■■ 4.21
CLN3-234ENST00000568472 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP41.25■■■■■ 4.19
CLN3-234ENST00000568472 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.98■■■■■ 4.15
CLN3-234ENST00000568472 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.91■■■■■ 4.14
CLN3-234ENST00000568472 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP40.8■■■■■ 4.12
CLN3-234ENST00000568472 SMARCA4P51532 1647 aa40.72■■■■■ 4.11
CLN3-234ENST00000568472 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.52■■■■■ 4.08
CLN3-234ENST00000568472 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa40.49■■■■■ 4.07
CLN3-234ENST00000568472 SMARCA2P51531 1590 aa40.48■■■■■ 4.07
CLN3-234ENST00000568472 NCAPD3P42695 1498 aa40.48■■■■■ 4.07
CLN3-234ENST00000568472 PEG3Q9GZU2 1588 aa40.38■■■■■ 4.05
CLN3-234ENST00000568472 HMGXB3Q12766 1538 aa40.25■■■■■ 4.03
CLN3-234ENST00000568472 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.24■■■■■ 4.03
CLN3-234ENST00000568472 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP40.18■■■■■ 4.02
CLN3-234ENST00000568472 WIZO95785 1651 aa40.03■■■■■ 4
CLN3-234ENST00000568472 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP39.72■■■■□ 3.95
CLN3-234ENST00000568472 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP39.44■■■■□ 3.9
CLN3-234ENST00000568472 CADPSQ9ULU8 1353 aa39.33■■■■□ 3.89
CLN3-234ENST00000568472 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa39.31■■■■□ 3.88
CLN3-234ENST00000568472 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.27■■■■□ 3.88
CLN3-234ENST00000568472 NESP48681 1621 aa39.26■■■■□ 3.88
CLN3-234ENST00000568472 CFTRP13569 1480 aa39.12■■■■□ 3.85
CLN3-234ENST00000568472 PDS5BQ9NTI5 1447 aa39.12■■■■□ 3.85
CLN3-234ENST00000568472 ERCC6Q03468 1493 aa39.1■■■■□ 3.85
CLN3-234ENST00000568472 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38.81■■■■□ 3.8
CLN3-234ENST00000568472 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.74■■■■□ 3.79
CLN3-234ENST00000568472 CEP164Q9UPV0 1460 aa38.73■■■■□ 3.79
CLN3-234ENST00000568472 PRDM2Q13029 1718 aa38.68■■■■□ 3.78
CLN3-234ENST00000568472 MRC2Q9UBG0 1479 aa38.61■■■■□ 3.77
CLN3-234ENST00000568472 CUX2O14529 1486 aa38.6■■■■□ 3.77
CLN3-234ENST00000568472 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.59■■■■□ 3.77
CLN3-234ENST00000568472 WDR62O43379 1518 aa38.45■■■■□ 3.75
CLN3-234ENST00000568472 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP38.35■■■■□ 3.73
CLN3-234ENST00000568472 ABCC8Q09428 1581 aa38.35■■■■□ 3.73
CLN3-234ENST00000568472 TOPBP1Q92547 1522 aa38.2■■■■□ 3.71
CLN3-234ENST00000568472 DNMBPQ6XZF7 1577 aa38.18■■■■□ 3.7
CLN3-234ENST00000568472 CUX1P39880 1505 aa37.99■■■■□ 3.67
CLN3-234ENST00000568472 IFT140Q96RY7 1462 aa37.95■■■■□ 3.67
CLN3-234ENST00000568472 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP37.95■■■■□ 3.67
CLN3-234ENST00000568472 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP37.9■■■■□ 3.66
CLN3-234ENST00000568472 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.84■■■■□ 3.65
CLN3-234ENST00000568472 SOGA1O94964 1423 aa37.81■■■■□ 3.64
CLN3-234ENST00000568472 TOP2BQ02880 1626 aa37.77■■■■□ 3.64
CLN3-234ENST00000568472 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa37.72■■■■□ 3.63
CLN3-234ENST00000568472 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP37.72■■■■□ 3.63
CLN3-234ENST00000568472 SYNJ1O43426 1573 aa37.71■■■■□ 3.63
CLN3-234ENST00000568472 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa37.7■■■■□ 3.63
CLN3-234ENST00000568472 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.64■■■■□ 3.62
CLN3-234ENST00000568472 WDR97A6NE52 1622 aa37.55■■■■□ 3.6
CLN3-234ENST00000568472 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa37.54■■■■□ 3.6
CLN3-234ENST00000568472 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP37.53■■■■□ 3.6
CLN3-234ENST00000568472 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP37.52■■■■□ 3.66e-6■■■■□ 25.1
CLN3-234ENST00000568472 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP37.48■■■■□ 3.59
CLN3-234ENST00000568472 GAPVD1Q14C86 1478 aa37.36■■■■□ 3.57
CLN3-234ENST00000568472 GRIN2BQ13224 1484 aa37.33■■■■□ 3.57
CLN3-234ENST00000568472 TRIM41Q8WV44 630 aa37.32■■■■□ 3.56
CLN3-234ENST00000568472 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa37.28■■■■□ 3.56
CLN3-234ENST00000568472 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP37.2■■■■□ 3.55
CLN3-234ENST00000568472 KIF27Q86VH2 1401 aa37.17■■■■□ 3.54
CLN3-234ENST00000568472 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa37.16■■■■□ 3.54
CLN3-234ENST00000568472 OSCARQ8IYS5 282 aa37.14■■■■□ 3.54
CLN3-234ENST00000568472 PBRM1Q86U86 1689 aa37.11■■■■□ 3.53
CLN3-234ENST00000568472 ERICH3Q5RHP9 1530 aa37.1■■■■□ 3.53
CLN3-234ENST00000568472 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.1■■■■□ 3.53
CLN3-234ENST00000568472 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP37.07■■■■□ 3.52
CLN3-234ENST00000568472 FBLN2P98095 1184 aa37.06■■■■□ 3.52
CLN3-234ENST00000568472 SYNJ2O15056 1496 aa37.04■■■■□ 3.52
CLN3-234ENST00000568472 CHIC1Q5VXU3 224 aa37.01■■■■□ 3.52
CLN3-234ENST00000568472 FHAD1B1AJZ9 1412 aa36.97■■■■□ 3.51
CLN3-234ENST00000568472 IGF1RP08069 1367 aa36.97■■■■□ 3.51
CLN3-234ENST00000568472 ADAMTS12P58397 1594 aa36.9■■■■□ 3.5
CLN3-234ENST00000568472 CHD1O14646 1710 aa36.89■■■■□ 3.5
CLN3-234ENST00000568472 GRIN2AQ12879 1464 aa36.81■■■■□ 3.48
CLN3-234ENST00000568472 CUL7Q14999 1698 aa36.78■■■■□ 3.48
CLN3-234ENST00000568472 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa36.77■■■■□ 3.48
CLN3-234ENST00000568472 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa36.76■■■■□ 3.47
CLN3-234ENST00000568472 EEA1Q15075 1411 aa36.71■■■■□ 3.47
CLN3-234ENST00000568472 NUP160Q12769 1436 aa36.66■■■■□ 3.46
CLN3-234ENST00000568472 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.6■■■■□ 3.45
CLN3-234ENST00000568472 CSRNP3Q8WYN3 585 aa36.6■■■■□ 3.45
CLN3-234ENST00000568472 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.56■■■■□ 3.44
CLN3-234ENST00000568472 CEP170Q5SW79 1584 aa36.54■■■■□ 3.44
CLN3-234ENST00000568472 PRXQ9BXM0 1461 aa36.5■■■■□ 3.43
CLN3-234ENST00000568472 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP36.42■■■■□ 3.42
CLN3-234ENST00000568472 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa36.41■■■■□ 3.42
CLN3-234ENST00000568472 ARHGEF11O15085 1522 aa36.39■■■■□ 3.42
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 347.2 ms