RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564172.1

GDE1-203, Transcript of glycerophosphodiester phosphodiesterase 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene GDE1, Length 2,238 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GDE1-203ENST00000564172 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa27.63■■■□□ 2.01
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GDE1-203ENST00000564172 VPS8Q8N3P4 1428 aa27.6■■■□□ 2.01
GDE1-203ENST00000564172 ARAP1Q96P48 1450 aa27.6■■■□□ 2.01
GDE1-203ENST00000564172 SYNJ2O15056 1496 aa27.57■■■□□ 2
GDE1-203ENST00000564172 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP27.56■■■□□ 2
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GDE1-203ENST00000564172 P3H3Q8IVL6 736 aa27.45■■□□□ 1.99
GDE1-203ENST00000564172 IQGAP2Q13576 1575 aa27.43■■□□□ 1.98
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GDE1-203ENST00000564172 CEP170Q5SW79 1584 aa27.37■■□□□ 1.97
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GDE1-203ENST00000564172 DISP1Q96F81 1524 aa27.2■■□□□ 1.95
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GDE1-203ENST00000564172 OSCARQ8IYS5 282 aa26.83■■□□□ 1.89
GDE1-203ENST00000564172 ARID3CA6NKF2 412 aa26.82■■□□□ 1.88
GDE1-203ENST00000564172 ERCC6L2Q5T890 1561 aa26.82■■□□□ 1.88
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GDE1-203ENST00000564172 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa26.74■■□□□ 1.87
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GDE1-203ENST00000564172 NCOA2Q15596 1464 aa26.67■■□□□ 1.86
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GDE1-203ENST00000564172 PLEKHD1A6NEE1 506 aa26.55■■□□□ 1.84
GDE1-203ENST00000564172 FGD6Q6ZV73 1430 aa26.55■■□□□ 1.84
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GDE1-203ENST00000564172 KDM5BQ9UGL1 1544 aa26.43■■□□□ 1.82
GDE1-203ENST00000564172 MIA2Q96PC5 1412 aa26.43■■□□□ 1.82
GDE1-203ENST00000564172 KIF14Q15058 1648 aa26.41■■□□□ 1.82
GDE1-203ENST00000564172 PTPN23Q9H3S7 1636 aa26.39■■□□□ 1.81
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GDE1-203ENST00000564172 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP26.36■■□□□ 1.81
GDE1-203ENST00000564172 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP26.35■■□□□ 1.81
GDE1-203ENST00000564172 ABCC10Q5T3U5 1492 aa26.35■■□□□ 1.81
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GDE1-203ENST00000564172 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP26.31■■□□□ 1.8
GDE1-203ENST00000564172 PTPRKQ15262 1439 aa26.28■■□□□ 1.8
GDE1-203ENST00000564172 ITSN2Q9NZM3 1697 aa26.27■■□□□ 1.8
GDE1-203ENST00000564172 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP26.27■■□□□ 1.8
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GDE1-203ENST00000564172 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa26.22■■□□□ 1.79
GDE1-203ENST00000564172 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP26.21■■□□□ 1.792e-6■■□□□ 11.5
GDE1-203ENST00000564172 SETD5Q9C0A6 1442 aa26.21■■□□□ 1.79
GDE1-203ENST00000564172 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP26.2■■□□□ 1.79
GDE1-203ENST00000564172 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP26.2■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP26.19■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa26.19■■□□□ 1.78
GDE1-203ENST00000564172 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa26.18■■□□□ 1.78
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