RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000332345.10

LIMS1-201, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,235 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-201ENST00000332345 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa23.44■■□□□ 1.34
LIMS1-201ENST00000332345 ARAP1Q96P48 1450 aa23.43■■□□□ 1.34
LIMS1-201ENST00000332345 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa23.43■■□□□ 1.34
LIMS1-201ENST00000332345 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.41■■□□□ 1.34
LIMS1-201ENST00000332345 SHROOM2Q13796 1616 aa23.41■■□□□ 1.34
LIMS1-201ENST00000332345 EEA1Q15075 1411 aa23.39■■□□□ 1.33
LIMS1-201ENST00000332345 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP23.37■■□□□ 1.33
LIMS1-201ENST00000332345 ERCC6L2Q5T890 1561 aa23.33■■□□□ 1.33
LIMS1-201ENST00000332345 PRXQ9BXM0 1461 aa23.33■■□□□ 1.33
LIMS1-201ENST00000332345 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP23.31■■□□□ 1.32
LIMS1-201ENST00000332345 IQGAP2Q13576 1575 aa23.27■■□□□ 1.32
LIMS1-201ENST00000332345 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa23.23■■□□□ 1.31
LIMS1-201ENST00000332345 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa23.17■■□□□ 1.3
LIMS1-201ENST00000332345 UGGT2Q9NYU1 1516 aa23.14■■□□□ 1.3
LIMS1-201ENST00000332345 TNIKQ9UKE5 1360 aa23.13■■□□□ 1.29
LIMS1-201ENST00000332345 PTPRGP23470 1445 aa23.12■■□□□ 1.29
LIMS1-201ENST00000332345 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP23.09■■□□□ 1.29
LIMS1-201ENST00000332345 DISP1Q96F81 1524 aa23.09■■□□□ 1.29
LIMS1-201ENST00000332345 KIF21BO75037 1637 aa23.08■■□□□ 1.28
LIMS1-201ENST00000332345 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP23.07■■□□□ 1.28
LIMS1-201ENST00000332345 TRHP20396 242 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
LIMS1-201ENST00000332345 GOLGA3Q08378 1498 aa23.06■■□□□ 1.28
LIMS1-201ENST00000332345 UBTFP17480 764 aaKnown RBP23.02■■□□□ 1.28
LIMS1-201ENST00000332345 KIAA0556O60303 1618 aa23.01■■□□□ 1.27
LIMS1-201ENST00000332345 EHMT2Q96KQ7 1210 aa23■■□□□ 1.27
LIMS1-201ENST00000332345 ADCY10Q96PN6 1610 aa22.96■■□□□ 1.27
LIMS1-201ENST00000332345 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP22.95■■□□□ 1.26
LIMS1-201ENST00000332345 UACAQ9BZF9 1416 aa22.95■■□□□ 1.26
LIMS1-201ENST00000332345 P3H3Q8IVL6 736 aa22.94■■□□□ 1.26
LIMS1-201ENST00000332345 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa22.91■■□□□ 1.26
LIMS1-201ENST00000332345 ABCC2Q92887 1545 aa22.87■■□□□ 1.25
LIMS1-201ENST00000332345 SAMD9Q5K651 1589 aa22.86■■□□□ 1.25
LIMS1-201ENST00000332345 MAPKBP1O60336 1514 aa22.83■■□□□ 1.25
LIMS1-201ENST00000332345 PLB1Q6P1J6 1458 aa22.82■■□□□ 1.24
LIMS1-201ENST00000332345 EFCAB5A4FU69 1503 aa22.79■■□□□ 1.24
LIMS1-201ENST00000332345 KDM5BQ9UGL1 1544 aa22.78■■□□□ 1.24
LIMS1-201ENST00000332345 ABCA8O94911 1581 aa22.78■■□□□ 1.24
LIMS1-201ENST00000332345 FAM69CQ0P6D2 419 aa22.78■■□□□ 1.24
LIMS1-201ENST00000332345 FHOD3Q2V2M9 1422 aa22.75■■□□□ 1.23
LIMS1-201ENST00000332345 ABCC10Q5T3U5 1492 aa22.75■■□□□ 1.23
LIMS1-201ENST00000332345 ASXL2Q76L83 1435 aa22.74■■□□□ 1.23
LIMS1-201ENST00000332345 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
LIMS1-201ENST00000332345 KIF13AQ9H1H9 1805 aa22.71■■□□□ 1.23
LIMS1-201ENST00000332345 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa22.67■■□□□ 1.22
LIMS1-201ENST00000332345 DIP2BQ9P265 1576 aa22.67■■□□□ 1.22
LIMS1-201ENST00000332345 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa22.66■■□□□ 1.22
LIMS1-201ENST00000332345 ARID3CA6NKF2 412 aa22.65■■□□□ 1.22
LIMS1-201ENST00000332345 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP22.64■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP22.64■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 ATP10BO94823 1461 aa22.64■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 FMN1Q68DA7 1419 aa22.63■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 WDR7Q9Y4E6 1490 aa22.6■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 KCNH8Q96L42 1107 aa22.6■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 GLI2P10070 1586 aa22.59■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-201ENST00000332345 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP22.58■■□□□ 1.2
LIMS1-201ENST00000332345 CLIP1P30622 1438 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-201ENST00000332345 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-201ENST00000332345 TSPOAP1O95153 1857 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-201ENST00000332345 PLEKHD1A6NEE1 506 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-201ENST00000332345 HECW1Q76N89 1606 aa22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-201ENST00000332345 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-201ENST00000332345 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-201ENST00000332345 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa22.46■■□□□ 1.19
LIMS1-201ENST00000332345 CEP162Q5TB80 1403 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 CD109Q6YHK3 1445 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa22.43■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 CFAP43Q8NDM7 1665 aa22.42■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 TEX14Q8IWB6 1497 aa22.41■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
LIMS1-201ENST00000332345 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP22.39■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa22.36■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 ABCA9Q8IUA7 1624 aa22.35■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 FYCO1Q9BQS8 1478 aa22.35■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP22.35■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 CCDC18Q5T9S5 1454 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 KDM6BO15054 1643 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-201ENST00000332345 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-201ENST00000332345 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP22.28■■□□□ 1.16
LIMS1-201ENST00000332345 PHLDB1Q86UU1 1377 aa22.27■■□□□ 1.16
LIMS1-201ENST00000332345 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP22.26■■□□□ 1.15
LIMS1-201ENST00000332345 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
LIMS1-201ENST00000332345 NEO1Q92859 1461 aa22.21■■□□□ 1.15
LIMS1-201ENST00000332345 KIF14Q15058 1648 aa22.2■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 VPS8Q8N3P4 1428 aa22.19■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 TTC37Q6PGP7 1564 aa22.19■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 ARAP3Q8WWN8 1544 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 PLCH2O75038 1416 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa22.16■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 FANCAO15360 1455 aa22.15■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 MTUS2Q5JR59 1369 aa22.15■■□□□ 1.14
LIMS1-201ENST00000332345 AKNAQ7Z591 1439 aa22.14■■□□□ 1.13
LIMS1-201ENST00000332345 CFAP74Q9C0B2 1584 aa22.13■■□□□ 1.13
LIMS1-201ENST00000332345 MYO5CQ9NQX4 1742 aa22.13■■□□□ 1.13
LIMS1-201ENST00000332345 RAPGEF3O95398 923 aa22.1■■□□□ 1.13
LIMS1-201ENST00000332345 APLP2Q06481 763 aa22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 ARHGAP5Q13017 1502 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 SCAPERQ9BY12 1400 aa22.04■■□□□ 1.12
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