RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 CHD6Q8TD26 2715 aa7.18□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 IGKV1-17P01599 117 aa7.18□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 TEN1Q86WV5 123 aa7.18□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 CRYGDP07320 174 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 TEX22C9J3V5 150 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 GTSF1Q8WW33 167 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD39Q53RE8 183 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 ZNF503-AS2A6NEH8 195 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 H7C423 109 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 DAND5Q8N907 189 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 GRNP28799 593 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 MIAQ16674 131 aa7.17□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 MIR7-3HGQ8N6C7 128 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 DEFB4AO15263 64 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 HIST2H2BDQ6DRA6 164 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP27-1Q3LI81 207 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 C11orf53Q8IXP5 236 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 Q8N9W7 124 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 MDFICQ9P1T7 246 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 A0A0J9YXV3 536 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 LYRM9A8MSI8 78 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 CRYGBP07316 175 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 IGFL2Q6UWQ7 119 aa7.16□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 RPL39P62891 51 aaKnown RBP7.15□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 ESM1Q9NQ30 184 aa7.15□□□□□ -1.26
CUX1-201ENST00000292535 GATA1P15976 413 aaPredicted RBP7.15□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ZFAND2AQ8N6M9 145 aa7.15□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ASPHD1Q5U4P2 390 aa7.15□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 C3orf22Q8N5N4 141 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 V9GYY9 64 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 COL4A6Q14031 1691 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 A0A087WZ39 114 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 WI2-2373I1.2A0A1W2PRP0 233 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LYPD6BQ8NI32 183 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ARTNQ5T4W7 220 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC9-AS1A6NH13 148 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ITPR3Q14573 2671 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 CENPFP49454 3210 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 E9PLD3 99 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 UBE2D1P51668 147 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 TRAV26-1A0A087WT03 109 aa7.14□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ATP5EP56381 51 aaPredicted RBP7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 HILS1P60008 231 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 RSPO1Q2MKA7 263 aaPredicted RBP7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 NFE4Q86UQ8 179 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 BLCAPP62952 87 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 CLEC2BQ92478 149 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 STAB2Q8WWQ8 2551 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 C7orf33Q8WU49 177 aa7.13□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 IGKV2D-26A0A0A0MRZ7 120 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 MSRB1Q9NZV6 116 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 SPANXB1Q9NS25 103 aaPredicted RBP7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 FXYD2P54710 66 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 MRPL55Q7Z7F7 128 aaKnown RBP7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 BRK1Q8WUW1 75 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ZNF706Q9Y5V0 76 aaPredicted RBP7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LRRC75A-AS1Q8N1F1 130 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 RITA1Q96K30 269 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 UBE2D4Q9Y2X8 147 aa7.12□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 A0A0J9YX75 114 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 NDUFC1O43677 76 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 Q6ZUT4 128 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 FAM19A1Q7Z5A9 133 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 MAP6D1Q9H9H5 199 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 FOXI1Q12951 378 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LRCOL1A6NCL2 159 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LINC00643Q86TS7 51 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LTBP2Q14767 1821 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 A0A0U1RQV1 116 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 REG3AQ06141 175 aa7.11□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 COA6Q5JTJ3 125 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ODF3L1Q8IXM7 274 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 NOTCH1P46531 2555 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 HIGD2AQ9BW72 106 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 SIRPDQ9H106 197 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 SERP1Q9Y6X1 66 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LINC01548A6NM66 108 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LINC00269Q8N2A0 174 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 DEFB131BA0A096LNP1 70 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 MPLKIPQ8TAP9 179 aa7.1□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 FAM222AQ5U5X8 452 aa7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 PATE2Q6UY27 113 aa7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 TEX15Q9BXT5 2789 aa7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 IGKV2-24A0A0C4DH68 120 aa7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 ZFP36P26651 326 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 LOXL1Q08397 574 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 IBA57-AS1B1ANH7 110 aa7.09□□□□□ -1.27
CUX1-201ENST00000292535 NDUFC2-KCTD14E9PQ53 114 aa7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 TNFRSF13BO14836 293 aaPredicted RBP7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 FAM167A-AS1Q96KT0 104 aa7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 G3V4G9 280 aa7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 TRAV10A0A0B4J240 114 aa7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 C20orf203Q8NBC4 194 aa7.08□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 WFDC2Q14508 124 aa7.07□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 ODF1Q14990 250 aa7.07□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 KIRREL3-AS3Q8N7Y1 241 aaPredicted RBP7.07□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 MIFP14174 115 aa7.07□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 LINC00474Q9P2X8 69 aa7.07□□□□□ -1.28
CUX1-201ENST00000292535 UBE2D3P61077 147 aa7.07□□□□□ -1.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.7 ms