RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621217.4

GGA3-222, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 2

Gene GGA3, Length 4,181 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-222	ENST00000621217	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RUFY1	Q96T51	708 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	AFF2	P51816	1311 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TERF1	P54274	439 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	UVSSA	Q2YD98	709 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	OSBP2	Q969R2	916 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		10.45	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217		M0R2C6	588 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	HSPA1L	P34931	641 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CNNM3	Q8NE01	707 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	INCENP	Q9NQS7	918 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	STX1A	Q16623	288 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PTPN21	Q16825	1174 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	HOOK1	Q9UJC3	728 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SPTLC2	O15270	562 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PRKAB2	O43741	272 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TMCO3	Q6UWJ1	677 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	MAST3	O60307	1309 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	UBXN4	Q92575	508 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		10.44	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PDE6A	P16499	860 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	MTX1	Q13505	466 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	AIFM3	Q96NN9	605 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RERE	Q9P2R6	1566 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SYK	P43405	635 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	ITPK1	Q13572	414 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KIF2A	O00139	706 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	AFM	P43652	599 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	GPATCH11	Q8N954	259 aa		10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	IPO7	O95373	1038 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	FOXO4	P98177	505 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KRT222	Q8N1A0	295 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SKIL	P12757	684 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	GTF2A1	P52655	376 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PTPN14	Q15678	1187 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	DOK7	Q18PE1	504 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		10.42	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	BAG3	O95817	575 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SSB	P05455	408 aa	Known RBP eCLIP	10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	MCAM	P43121	646 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC96	Q2M329	555 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	GIMAP7	Q8NHV1	300 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	UIMC1	Q96RL1	719 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	ERLIN1	O75477	346 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KIAA0754	O94854	1291 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CDR1	P51861	262 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	NCAPD2	Q15021	1401 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	NLRP5	P59047	1200 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RTN1	Q16799	776 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	ESR2	Q92731	530 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	IFNK	Q9P0W0	207 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PYCARD	Q9ULZ3	195 aa		10.41	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L12	C9JPN9	530 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	USP17L21	D6R901	530 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TCP10	Q12799	353 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TSPY3	P0CV98	308 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	TSPY8	P0CW00	308 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	GTF2I	P78347	998 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	PDE4B	Q07343	736 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	RASGRF1	Q13972	1273 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		10.4	□□□□□ -0.74
GGA3-222	ENST00000621217	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74

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