RNA–Protein interactions for RNA: YLL011W

SOF1, Transcript of Protein required for biogenesis of 40S (small) ribosomal subunit, yeast

Gene SOF1, Length 1,470 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SOF1	YLL011W	PGS1	P25578	521 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	ECM32	P32644	1121 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	XRS2	P33301	854 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	PXA2	P34230	853 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	LAM1	P38851	1228 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SCS2	P40075	244 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	VID28	P40547	921 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	MTC3	P53077	123 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YAP1802	P53309	568 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	TIM10	P87108	93 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	UBP2	Q01476	1272 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	TDA9	Q04545	1251 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YLR287C	Q05881	355 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	IRC3	Q06683	689 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NGL1	Q08213	363 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YOR059C	Q08448	450 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	RRG1	Q12167	365 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YOR1	P53049	1477 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SNF1	P06782	633 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NUC1	P08466	329 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NCP1	P16603	691 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	DIT1	P21623	536 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	ADP1	P25371	1049 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YCL049C	P25577	312 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	HXT4	P32467	576 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SDS22	P36047	338 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	GPD2	P41911	440 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	BRE2	P43132	505 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	CPR6	P53691	371 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	MRPL19	P53875	158 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YMR265C	Q03508	461 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	RCF1	Q03713	159 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	GSF2	Q04697	403 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	VID22	Q05934	901 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	HRK1	Q08732	759 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	PSF3	Q12146	194 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	TAH18	Q12181	623 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	SCM3	Q12334	223 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	NSI1	Q12457	570 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	YLR149C	Q99296	730 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SOF1	YLL011W	DNF2	Q12675	1612 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPS9A	O13516	197 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PRC1	P00729	532 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SWI6	P09959	803 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ADH4	P10127	382 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SPO16	P17122	198 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CMK1	P27466	446 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YKR018C	P36114	725 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ABZ1	P37254	787 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	OSH7	P38755	437 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	STL1	P39932	569 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PUG1	P40100	303 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CEP3	P40969	608 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TNA1	P53322	534 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MTD1	Q02046	320 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	DOT1	Q04089	582 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PSR1	Q07800	427 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YPL277C	Q08989	487 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NTE1	Q04958	1679 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	VTH1	P40438	1549 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	VTH2	P40890	1549 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MTF2	P10849	440 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CDC26	P14724	124 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SAC7	P17121	654 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SNF5	P18480	905 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RAD16	P31244	790 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPT3	P33298	428 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TGL1	P34163	548 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YKR075C	P36155	307 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NOP4	P37838	685 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	DUN1	P39009	513 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SWD1	P39706	426 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	IMA5	P40884	581 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	IRC5	P43610	853 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PUS4	P48567	403 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RRT6	P53117	311 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NCE103	P53615	221 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NOP15	P53927	220 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ARP4	P80428	489 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TAF11	Q04226	346 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YOR022C	Q12204	715 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RAS1	P01119	309 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HSP82	P02829	709 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YSC84	P32793	468 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	STE13	P33894	931 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NNK1	P36003	928 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	FLR1	P38124	548 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	IFA38	P38286	347 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PSF2	P40359	213 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RIC1	P40395	1056 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CBK1	P53894	756 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HDA1	P53973	706 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NSE5	Q03718	556 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SYF1	Q04048	859 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TRM8	Q12009	286 aa		4.88	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 16 ms