RNA–Protein interactions for RNA: YGR135W

PRE9, Transcript of Alpha 3 subunit of the 20S proteasome, yeast

Gene PRE9, Length 777 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRE9	YGR135W	TY1A-LR2	P0CX72	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-PL	P0CX73	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-JR1	P0CX74	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-LR3	P0CX75	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-ML2	P0CX76	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PGI1	P12709	554 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PLC1	P32383	869 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PET10	P36139	283 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	BDH2	P39713	417 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SLS1	P42900	643 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	CIR1	P42940	261 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	ALG2	P43636	503 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NPA3	P47122	385 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	CTH1	P47976	325 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	UBX4	P54730	416 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TGL2	P54857	326 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MTQ2	Q03920	221 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	UTP5	Q04177	643 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	ENT2	Q05785	613 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	DUS3	Q06053	668 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SPP382	Q06411	708 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-GR1	Q12085	440 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-PR3	Q6Q5H1	440 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TY1A-OL	Q92392	440 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SEC7	P11075	2009 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PSK1	P31374	1356 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	AUS1	Q08409	1394 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PIF1	P07271	859 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MLS1	P30952	554 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RPN12	P32496	274 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PRP19	P32523	503 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	YKL222C	P35995	705 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NEM1	P38757	446 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MGS1	P40151	587 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	IRC24	P40580	263 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MMM1	P41800	426 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	DOT1	Q04089	582 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NKP2	Q06162	153 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	HIM1	Q06674	414 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	BRE1	Q07457	700 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RAD50	P12753	1312 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	CDC9	P04819	755 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SRD1	P09007	221 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	YRO2	P38079	344 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	ALG3	P38179	458 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	VID27	P40157	782 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MPH1	P40562	993 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	CIT3	P43635	486 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PIP2	P52960	996 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MET13	P53128	600 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SPC105	P53148	917 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	UTP22	P53254	1237 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PAP2	P53632	584 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MET14	Q02196	202 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MEC3	Q02574	474 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	YOR059C	Q08448	450 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NSI1	Q12457	570 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	DNF3	Q12674	1656 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	ADE8	P04161	214 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PTH2	P34222	208 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	GPT2	P36148	743 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RIM4	P38741	713 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	IES5	P40060	125 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SIP5	P40210	489 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RAD26	P40352	1085 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	GUS1	P46655	708 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.87	□□□□□ -1.63	not detected
PRE9	YGR135W	AVT1	P47082	602 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	YJR096W	P47137	282 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	HST1	P53685	503 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	GUD1	Q07729	489 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	GNT1	Q12096	491 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PTC5	Q12511	572 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MLP1	Q02455	1875 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SFL1	P20134	766 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PTP2	P29461	750 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NIC96	P34077	839 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RGD1	P38339	666 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	HYR1	P40581	163 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	TAN1	P53072	289 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	HOS3	Q02959	697 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RKM2	Q03942	479 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	VPS20	Q04272	221 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	HRQ1	Q05549	1077 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	GAL1	P04385	528 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	AEP2	P22136	580 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	RET1	P22276	1149 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	AFG2	P32794	780 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	MIC60	P36112	540 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	REI1	P38344	393 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	SMC3	P47037	1230 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	YTM1	Q12024	460 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	LYS2	P07702	1392 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	NFS1	P25374	497 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	PCL2	P25693	308 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRE9	YGR135W	ELM1	P32801	640 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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