RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	EED	O75530	441 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HRG	P04196	525 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CD6	P30203	668 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	LCN1	P31025	176 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SERTAD2	Q14140	314 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZER1	Q7Z7L7	766 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FTMT	Q8N4E7	242 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ELP5	Q8TE02	316 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP23	Q9BVJ7	150 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FN3K	Q9H479	309 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SAV1	Q9H4B6	383 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC4E	Q9ULY5	219 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DHDH	Q9UQ10	334 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A6NL46	340 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN8	P56748	225 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTC1	P68032	377 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTA1	P68133	377 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NFATC3	Q12968	1075 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GRHL2	Q6ISB3	625 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	S100PBP	Q96BU1	408 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IL26	Q9NPH9	171 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	hCG_1807616	A0A1W2PRN6	198 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ATE1	O95260	518 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX9	P48436	509 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CBARP	Q8N350	705 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ALOXE3	Q9BYJ1	711 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ALG5	Q9Y673	324 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMX2-CTNND1	H3BSU7	103 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DCK	P27707	260 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HLCS	P50747	726 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP5C	P53041	499 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD11B2	P80365	405 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK10	Q15131	360 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C3orf33	Q6P1S2	294 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	COMMD6	Q7Z4G1	85 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAAF1	Q8NEP3	725 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PROKR1	Q8TCW9	393 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ABHD5	Q8WTS1	349 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KDELR2	P33947	212 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIK2	Q13002	908 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KANK2	Q63ZY3	851 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	LRFN4	Q6PJG9	635 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD11B1L	Q7Z5J1	315 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PDZD3	Q86UT5	571 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RLN3	Q8WXF3	142 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FUBP1	Q96AE4	644 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ISG20	Q96AZ6	181 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC1	Q9NVT9	282 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS5	A0A0G2JLQ3	304 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0G2JNG1	304 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GXYLT2	A0PJZ3	443 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS3	K7RE56	304 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EN2	P19622	333 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ARG2	P78540	354 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS5	Q14953	304 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A25	Q6KCM7	469 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PARS2	Q7L3T8	475 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MAMDC2	Q7Z304	686 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C3orf58	Q8NDZ4	430 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR7G1	Q8NGA0	311 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FUZ	Q9BT04	418 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNS2	Q9ULS6	477 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3D21	A4FU49	640 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC6A11	P48066	632 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	EMP2	P54851	167 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A12	P80511	92 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC7A9	P82251	487 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ST3GAL4	Q11206	333 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SPRED3	Q2MJR0	410 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RFT1	Q96AA3	541 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MOCOS	Q96EN8	888 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNL2	Q96S94	520 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PITX2	Q99697	317 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTRT3	Q9BYD9	372 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDH10	Q9P2E7	1040 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GJD2	Q9UKL4	321 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NOP16	Q9Y3C1	178 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PTRH2	Q9Y3E5	179 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C4B	P0C0L5	1744 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SMIM30	A4D0T7	59 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	BPNT1	O95861	308 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RHCE	P18577	417 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CERS1	P27544	350 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR1E	P28566	365 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF81	P51508	661 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK3	Q00526	305 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	IRF4	Q15306	451 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6AP1	Q15904	470 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP11A	Q6P4F7	1023 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NEDD4L	Q96PU5	975 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC32	Q9BV29	185 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	RXFP3	Q9NSD7	469 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	C13orf42	A0A1B0GVH6	325 aa		12.48	□□□□□ -0.41

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