Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SKA3Q8IX90 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms