Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRIM28Q13263 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
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