Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDCBPO00560 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms