Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
SP140Q13342 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SP140Q13342 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SP140Q13342 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SP140Q13342 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.4 ms