Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
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