Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA3O43365 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.6 ms