Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMCH1Q9UPQ0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms