Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRPF3Q9ULD4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRPF3Q9ULD4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms