Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZNF541Q9H0D2 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms