Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC3Q9BQI4 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms