Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL9A3Q14050 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
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