Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC87Q9NVE4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms