Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SHANK3Q9BYB0 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHANK3Q9BYB0 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms