Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC42Q96M95 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms