Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms