Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC39Q9UFE4 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms