Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS28Q9UK41 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms