Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS54Q9P1Q0 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms