Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC3Q9BQI4 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms