Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms