Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms