Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXC9P31274 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms