Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
USP28Q96RU2 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
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