Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC42Q96M95 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms