Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
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