Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
COL4A3Q01955 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms