Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms