Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms