Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL18A1P39060 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL18A1P39060 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms