Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms