Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SDC1P18827 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SDC1P18827 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms